张超

个人介绍

长期从事系统发育学相关算法与工具的开发。设计并开发了大规模系统发育树构建工具ASTRAL-IV、针对多拷贝基因家族树的建树工具ASTRAL-Pro、针对低解析度基因树的建树工具wASTRAL、基于大规模全基因组比对的建树工具CASTER、低成本建树工具WASTER、古杂交检测工具D*、比对错误检测工具TAPER等算法工具。

GitHub: https://github.com/chaoszhang

Gitee: https://gitee.com/chaos_zhang

Bioconda: https://bioconda.github.io/recipes/aster/README.html

研究方向

大规模全基因组系统发育树推断、低成本基因组系统发育树构建、跨物种古杂交检测、系统发育网络构建、大规模系统发育分析、大规模全基因组比对、大规模比对纠错、系统发育学理论等。

代表性成果

1. C Zhang, R Nielsen, S Mirarab. "CASTER: Direct species tree inference from whole-genome alignments", Science 387 (6737), eadk9688

2. C Zhang, R Nielsen, S Mirarab, "ASTER: A Package for Large-Scale Phylogenomic Reconstructions", Molecular Biology and Evolution 42 (8), msaf172